1919年、神戸生まれ。グラフィックデザイナーとして働きながら日本画を学び、欧米美術の新しい動向に関心を寄せるようになる。1952年、33歳で渡仏すると、菅井の日本趣味的な初期作品はたちまち注目を集め、故国よりもまず海外において成功を収める。1955年にはロンドンで藤田嗣治との二人展を開催。1965年、サンパウロ・ビエンナーレで最優秀外国作家賞受賞。欧米各地で展覧会を開催し、国際的な現代美術の第一線で活躍する。菅井の作品は初期の勢いある筆さばきの画風からいくつかの変貌を遂げ、晩年は幾何学的な要素を強めるなど、常に新しい絵画世界を切り開いていった。1996年、77歳で死去。